合同未写明指标克扣工资一般无效。依据《劳动合同法》，单位规章制度必须依法制定且员工知晓才生效，未告知员工的制度不能作为扣工资依据，否则违法。不及时处理可能导致员工权益受损，引发劳动争议。
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合同未写明指标被扣工资，处理方式有协商、投诉、仲裁等。应先与单位沟通协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；仍无法解决可申请劳动仲裁，根据仲裁结果决定是否诉讼。
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合同无指标扣工资无效。处理如下：1. 与单位沟通，要求解释扣工资依据，提出异议；2. 收集证据，如工资条、合同等，证明扣工资无依据；3. 向劳动监察投诉，要求介入调查；4. 如需，申请劳动仲裁，维护自身权益。