农村土地承包经营证书在县级以上地方政府农业行政主管部门办理。分析说明：根据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关规定，农村土地承包经营证书的办理工作由县级以上地方政府农业行政主管部门负责，包括登记、审核和核发等环节。这是保障农民土地承包经营权的重要法律凭证。提醒：若长时间无法办理或遭遇推诿扯皮现象，表明问题比较严重了，应及时寻求专业人士的进一步帮助，以维护自身合法权益。
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在不同情况下处理方式的具体操作：1.家庭承包方式下：*土地承包合同生效后，发包方应在30个工作日内将相关材料报乡（镇）人民政府农村经营管理部门初审。*乡（镇）人民政府农村经营管理部门对材料符合规定的，及时登记造册并向县级以上地方人民政府提出颁发证书的书面申请。*县级以上地方人民政府农业行政主管部门对申请材料进行审核，符合规定的编制登记簿并报同级人民政府颁发证书。2.其他承包方式（如招标、拍卖、公开协商等）下：*承包方在签订承包合同后，按照类似家庭承包方式的流程向相关政府部门申请颁发证书。*提交相应的证明材料，并报乡（镇）人民政府批准。*遵循法定程序和时间节点，完成初审、审核和颁发证书等环节。在办理过程中，承包方应密切关注办理进度和结果，如有异议或问题应及时向相关部门反映并寻求解决方案。
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处理方式：从法律角度看，办理农村土地承包经营证书的常见方式主要是按照法定程序向相关部门提交申请。具体来说，承包方需准备相关材料，如土地承包合同、身份证、户口本等，并按照规定的流程和时间节点向乡（镇）人民政府农村经营管理部门提交申请，由其进行初审后报县级以上地方人民政府农业行政主管部门审核，最终颁发证书。选择不同处理方式时，应优先考虑官方渠道和法定程序，确保办理过程的合法性和有效性。同时，也可咨询当地政府部门或专业律师以获取更具体的指导和帮助。